小乘佛教立六识，大乘佛教地论宗和唯识宗立八识，真谛系之摄论宗复举第九阿摩罗识（无垢识、真如识），成立九识义。
九识义乃将识分作九种之义，眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识等为六识，末那识为第七识，阿赖耶识（即阿梨耶识）为第八识，阿摩罗为第九识。
阿赖耶识，译为藏识，也称异熟识或种子识。藏字有三义，即能藏、所藏、执藏。能藏谓阿赖耶识能含藏一切法的善恶种子，故称种子识；所藏谓阿赖耶识为前七识熏习的杂染法（无明法）所覆藏；执藏谓阿赖耶识为第七识所执为自内我体，即第七识将阿赖耶识执以为我。第八阿陀那识（阿赖耶识）恒被第七末那识（我爱识，爱识）妄执为实我，然后妄生贪爱，执持不舍，故阿赖耶识又称“我爱执藏”，简称执藏。
阿赖耶识又译作无没，即含藏诸法种子而不没失，虽在生死轮回而不没失，故名无没。《西游记》里从石头中出来变成的猴子，为申金，即阳金，为阿赖耶识。阿赖耶识里的种子就是孙悟空的那个变不了的猴子尾巴。
《大乘瑜伽金刚性海曼殊室利千臂千钵大教王经》：“菩萨即达圣性、圣道、直心、真空、无一众生性、虚妄心灭、不见缘、不见非缘、菩萨住顶三昧照寂证灭相分、见分、入自证分、达证自证分、得住寂灭心定发根本圣行趣道实性。”
解读：
根据唯识宗，这个心的作用有“四分”，即分出四种功能，称为相分、见分、证分、证自证分。
相分是唯识宗所立四种心法之第一种，又称所取分，即外界之事物映现于心之影像。相分包括六尘和色阴法相，即一切有相之法。
见分是唯识宗所立四种心法之第二种，又称能取分，即指诸识（六识）之能缘作用，为认识事物之主体，亦即能照知所缘对境（即相分）之主体作用，即心之见的功能，即见性。阿赖耶识为了显现其自身,便变现为相、见二分。
阿赖耶识的第三个功能为自证分，见分有缘虑、了别相分的作用，但是不能自知其所见有无谬误，所以必须另外有一个证知见分的作用，即自证分，为识之自体，故有名自体分。
自己晓得我证果了、到达了，但是对于证果的究竟是真的还是假的呢？这要证自证分；证自证分即般若智慧。阿赖耶识转成了真正般若智慧，就是转为第九识，即成为圣人。证分和证自证分为圣人功用。
第七识为末那识，也称俱生，即与生俱来之义，如来藏所生，或说阿赖耶识所生。末那识为梵文音译，意译过来就是思维或意，故称之为意根，代表思维功能。末那识起“俱生我执”，末那识恒思量以阿赖耶识为我，故修道者要观“无我”才能消除意根的俱生我执和第六识的“分别我执”，然后第八识才能显现出来。第六识的分别我执即以五阴之身为我，是后天形成的，第七识的俱生我执即以阿赖耶识的见分（为我，是先天性的，即与生俱来的。同样第六识有分别法执（以为色声香味真实存在），第七识有俱生法执（不知佛性本有，以为有道可证）。
第七识又称传送识，众生的一切善恶业都由第七识化为种子传送给第八识储藏起来。第七识也称染净依，即一切法染净诸法依此识而转。如果第七识清净，那么六识就清净，如果第七识不清净而污染（有我执），那么六识就被污染。无污染而清净的第七识就是平等性智，即无我执了，故视自己和一切众生平等无二。无污染时的六识就转化为妙观察智，即能分别万法而又不起分别心，即知诸法之自相和共相（空相），即不着于相。
《楞严经》：“六根亦如是。元依一精明，分成六和合。一处成休复，六用皆不成。”
解读：
“一精明”就是指阿赖耶识，人的眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识六根都依阿赖耶识而存在。依六根分别而言的见性、闻性、嗅闻性、知味性、知觉性、觉知性都是指无漏阿赖耶识。如果一根能返本归源来为阿赖耶识，那么六根都不起作用了。
《深密解脱经》圣者广慧菩萨问品第六：“广慧。依彼阿陀那识能生六种识。所谓眼耳鼻舌身意识身。”
《楞严经》卷第三：“阿难！如汝所明，眼色为缘，生于眼识……耳声为缘，生于耳识……鼻香为缘，生于鼻识……舌味为缘，生于舌识……身触为缘，生于身识……意法为缘，生于意识”
《阿毗达磨集异门足论》卷十五：“六识身者云何为六。答一眼识身。二耳识身。三鼻识身。四舌识身。五身识身。六意识身。云何眼识身。答眼及诸色为缘生眼识。此中眼为增上色为所缘。于眼所识色。诸了别性。极了别性。了别色性。是名眼识身。耳鼻舌身意识身。随所应当广说。”
解读：
阿赖耶识也称阿陀那识或阿梨耶识，阿赖耶识生眼耳鼻舌身意之六识身，六识身即六识。阿赖耶识通过六根和六尘生六识，如阿赖耶识通过眼根和色生眼识，生哪种眼根是由阿赖耶识里的种子决定的，不同的眼根见不同的世界。如人和蛇的眼根不同，人和欲界天人的眼根也不同，故所见不同。
前六识的分别心分为三种，即自性分别、计度分别和随念分别。自性分别即寻，指寻心所，即寻求之心，与五识相应，属于比较粗的分别心，如分别声音高低，分别不同颜色，不同颜色呈现不同的相，但并不取颜色之名。计度分别即伺，即思维揣度分别，为第六识（意识）之散慧，即属于在非定中第六意识之思虑。前五识的信息进入意识中，就交给计度分别心，产生相应的思维，得出相应的结论。如见红色，如听人说话知其义，如善恶美丑。随念分别为追求过去之境的分别心，即想念过去的事情时的分别心，在定中和散中皆可生随念分别心。
意识还要通过人的大脑神经来指挥人的色身，所以实际上，人的意识还受到大脑神经细胞的影响，如同近视眼要受到眼镜的影响一样。当大脑疲劳时，意识就会出现困顿的状况，就要睡觉休息以修复大脑的神经细胞。
《楞严经》：“果位中菩提、涅槃、真如、佛性、菴摩罗识（或称阿摩罗识）、空如来藏、大圆镜智，是七种名，称谓虽别，清净圆满，体性坚凝，如金刚王，常住不坏。”
解读：
阿摩罗识梵语为amala-vijn~a^na，意译为清净识，菩提、涅槃、真如、佛性、菴摩罗识（或称阿摩罗识）、空如来藏、大圆镜智都清净圆满，为金刚不坏之身，永恒不坏。但是涅槃有大小涅槃之分，阿罗汉之涅槃为小涅槃，佛之涅槃为大涅槃。
《大宝积经 》卷119：“世尊，如来成就过于恒沙具解脱智不思议法，说名法身。世尊，如是法身不离烦恼，名如来藏。世尊。如来藏者。即是如来空性之智。如来藏者。一切声闻独觉所未曾见。亦未曾得。唯佛了知及能作证。世尊。此如来藏空性之智。复有二种。何等为二。谓空如来藏。所谓离于不解脱智一切烦恼。世尊。不空如来藏。具过恒沙佛解脱智不思议法。”
《胜鬘师子吼一乘大方便方广经》 卷1：“世尊。过于恒沙不离不脱不异不思议佛法成就说如来法身。世尊。如是如来法身不离烦恼藏名如来藏。”
解读：
众生有六种根本烦恼，为贪、瞋、痴、慢、疑和邪知邪见。不在西方极乐世界而藏于烦恼中的如来法身就称如来藏，为如来空性之智，即有能见万法空性之智慧，故称空如来藏。如来藏中又具有恒沙佛解脱智不思议法，故又称不空如来藏。当如来藏脱离烦恼时就不称如来藏了，而称如来法身，凡人的如来藏为阳兑金灵，见道而未成佛之圣人的如来藏为土中兑金灵，就是先天一炁之法身。
因为众生有无明烦恼而生身、口、意三行，有三行之业则熏习成种子，如来法身含藏种子后就称阿赖耶识。
《佛说不增不减经》：“舍利弗，甚深义者即是第一义谛，第一义谛者即是众生界，众生界者即是如来藏，如来藏者即是法身。”
《佛说不增不减经》：“舍利弗，即此法身过于恒河沙无边烦恼所缠，从无始世来随顺世间，波浪漂流，往来生死，名为众生。”
《佛说不增不减经》：“舍利弗，即此法身厌离世间生死苦恼，弃舍一切诸有欲求，行十波罗蜜，摄八万四千法门，修菩提行，名为菩萨。”
《大方等如来藏经》：“佛观众生类，悉有如来藏，无量烦恼覆，犹如秽花缠，我为诸众生，除灭烦恼故，普为说正法，令速成佛道”
解读：
如来法身被无边烦恼所缠而在世间如波浪漂流，称之为众生。如来藏就是如来隐藏于众生中的法身，即化为众生的法身，即阿赖耶识。因为除灭一切烦恼后，此如来藏就能成佛，变成如来法身佛，故称如来藏为佛性，即有成佛之性，也表示如来藏的圆满清净性质等同于如来法身佛。
《密严经》：“如来清净藏，亦名无垢智，常住无终始，离四句言说，佛说如来藏，以为阿赖耶，恶慧不能知，藏即赖耶识，如来清净藏，世间阿赖耶，如金与指环，展转无差别，譬如巧金师，以净好真金，造作指严具，欲以庄严指，其相异众物，说名为指环。”
解读：
如来清净藏，即如来藏，也称无垢智，为没有污垢的清净智慧。对于世间的众生而言，为了表明众生的如来藏藏于污垢中，就称如来藏为阿赖耶识，也称藏识和种子识，如来藏和阿赖耶识两者实为同一金灵。金喻为如来藏，金指环喻为阿赖耶识，以金造金指环即如来藏化身为众生之阿赖耶识。如来藏之名表示如来隐藏之身，是依其来源而取名的。阿赖耶识意译为藏识，含有能藏、执藏和所藏之义，是依其功能、地位和隐藏性而言的，两者没有区别。
《大乘密严经》阿赖耶建立品第六：“一切众生阿赖耶识本来而有，圆满清净，出过于世，同于涅槃。”
《大乘密严经》阿赖耶即密严品第八：“如是赖耶识，是清净佛性，凡位恒杂染，佛果常宝持，如美玉在水，苔衣所缠覆”
《入楞伽经》佛性品第十一：“大慧，阿梨耶识者，名如来藏，而与无明七识共俱；如大海波，常不断绝，身俱生故。”
《 大乘密严经 》妙身生品第二之余：“藏识亦如是，蕴藏诸习气，譬如水中月，及以诸莲花，与水不相离，不为水所着，藏识亦复然，习气莫能染”
解读：
一切众生的阿赖耶识与涅槃一样圆满清净，阿赖耶识（阿梨耶识）就是清净佛性，就是如来藏。
凡位众生的阿赖耶识与杂染法共俱，与无明七识共俱，而对于在圣位的佛而言阿赖耶识就转变成清净的摩尼宝。阿赖耶识虽然蕴藏诸习气种子，被杂染七识所覆盖，但是这些杂染法不能改变阿赖耶识之清净本性。如同水中月不被水侵入一样，水是水，月是月。又如莲花不离开水，但是又不被水淹没一样。
《解深密经》心意识相品第三：“阿陀那识甚深细，一切种子成瀑流，我于凡愚不开演，恐彼分别执为我。”
《楞严经》卷五中：“陀那微细识，习气成瀑流，真非真恐迷，我常不开演，自心取自心，非幻成幻法。不取无非幻，非幻尚不生，幻法云何立。”
解读：
第八陀那识中所藏的一切习气（种子）成瀑流，于是把真心之阿赖耶识认为不是真心，就会迷惑了。因为怕凡愚之人起分别而执着地以第八识为我，从而成为修证无我的障碍，所以世尊不对凡愚之人演说阿赖耶识。
把我和我所分离开就是“自心取自心”，不知道我和我所（一切法，如万物等）本来都是自己的真心。以自心（我）去分别自心（一切法等），就造成“非幻成幻法”，即真心幻化为法。如果幻和非幻都不取，即无分别心。没有分别心时非幻都没有取著，那么幻法自然也不会成立。
《解深密经》心意识相品第三：“此识亦名阿陀那识，何以故？由此识于身随逐执持故，亦名阿赖耶识，何以故？由此识于身摄受，藏隐。同安危义故，亦名为心”
《深密解脱经》：“以彼阿陀那识取此身相应身故。广慧。亦名阿梨耶识。何以故。以彼身中住着故。一体相应故。广慧。亦名为心。何以故。以彼心为色声香味触法增长故”
《大乘密严经》阿赖耶微密品第八：“诸仁者，藏识是心，执我名意，取诸境界说之为识。诸仁者，心能持身，意著诸趣，意识遍了五现分别。诸仁者，藏识为因生于诸识，意及意识又从所缘无间而起，五识复待增上缘生，以同时自根为增上故。
解读：
阿陀那识就是阿梨耶识，就是阿赖耶识，即藏识，就是心，即真心。此心摄持色身，隐藏而不可见。有阿赖耶识才有众生之身，阿赖耶识离开身体时，众生就身死了。阿赖耶识有意根后才会在六趣中轮回。
《楞严经》：“但汝于心，微细揣摩。若离前尘有分别体性，即真汝心。若分别体性，离尘无体，斯则前尘分别影事。尘非常住，若变灭时，此心则同龟毛兔角，则汝法身同于断灭，其谁修证无生法忍。
解读：
众生的真心就是佛性，真心脱离烦恼就是菩萨之法身。
《楞严经》卷一：“佛言：善哉阿难。汝等当知一切众生，从无始来。生死相续，皆由不知常住真心性净明体。用诸妄想。此想不真，故有轮转。”
《楞严经》卷二：“不知色身，外洎山河虚空大地，咸是妙明真心中物。”
解读：
阿赖耶识就是常住真心，就是妙明真心，即真心，为性净明体。妄想心为前七识。因为众生用前七识，故处在生死轮回中。色身和一切色皆是阿赖耶识所幻化。
《楞伽经》请佛品第一：“寂灭者名为一心，一心者名为如来藏，入自内身智慧境界，得无生法忍三昧.”
解读：
寂灭就是涅槃，涅槃就是一心，一心就是如来藏，即真心。这一心如果被迷就变成了八识心，其中六识心就是依六根而生出的六个心，此六识心统称为假心，即《西游记》中的六耳猕猴。如果能证到一心就得无生法忍，初步成就法身，为七地菩萨。如果圆满法身就成为八地菩萨。
《愣伽经》：“谓三四五地入于三昧。离种种心，寂然不动。心海不起转识波浪。了境心现，皆无所有。得于第七地，悉皆而转灭”
《 大乘密严经 》：“若离阿赖耶，即无有余识，譬如海波浪，与海虽不异，海静波去来，亦不可言一”
解读：
七地菩萨破了俱生我执，即灭了第七识，第八识才显现出来，即初步得法身。心海喻阿赖耶识，七转识喻为海浪，无海就无海浪，故阿赖耶识幻化为七转识。
《大乘密严经》：“心性本净不可思议，是诸如来微妙之藏，如金在矿。意从心生，余六亦然。如是多种于世法中而为差别。仁主。阿赖耶识，虽与能熏及诸心法，乃至一切染净种子而同止住，性恒明洁。如来种性应知亦然。定不定别，体常清净，如海常住，波潮转移。阿赖耶识亦复如是。诸地渐修，下中上别，舍诸杂染，而得明现。”
《佛说普贤曼拏罗经》：“净第八识中，一切杂染种。”
解读：
心之本性即真心，即如来藏，即阿赖耶识。金在自然界的矿石中以单质（非化合物）的形式存在，即与石中其它元素没有发生任何化学反应，即没有被污染。如来藏（阿赖耶识）如同矿中的不被污染的金，阿赖耶识虽然与能熏及诸心法，乃至一切染净种子而同止住（如同金在矿中），但其性恒明洁，即清净无染，所以阿赖耶识也称净第八识。第八识生一切杂染法，生意根和六识。
《金刚三昧经》入实际品：“佛言：‘为说戒者，不善，慢故，海波浪故。如彼心地，八识海澄，九识流净，风不能动，波浪不起，戒性等空，持者迷倒。’”
《金刚三昧经》真性空品第六：“如是，如是，真如空性，性空智火，烧灭诸结，平等平等，等觉三地，妙觉三身，于九识中皎然明净无有诸影。”
《大乘密严经》显示自作品第四：“天主，心有八种或复有九，与无明俱为世间因。世间悉是心心法现，是心心法及以诸根，生灭流转为无明等之所变异，其根本心坚固不动。
解读：
第八识之阿赖耶识如同澄清的大海，本身没有波浪，但是如果有无明之风吹动，就会起波浪。第九识流净，即心如如不动，风再也吹不动了，一切幻影皆不存在了，那就是阿赖耶识转化成了七地菩萨不生不灭的法身了，第九识即法身，法身出离烦恼。
《金光明经玄义拾遗记》卷第二：“庵摩罗九识名清净识。即是正因。唐三藏不许此识。云第九乃是第八异名。故新译摄论不存第九。地论文中亦无第九。”
解读：
因为阿赖耶识就是清净识，故庵摩罗识就是第八识阿赖耶识。
《八识规矩颂》（玄奘法师）：“不动地前才舍藏，金刚道后异熟空，大圆无垢同时发，普照十方尘刹中。”
解读;
阿赖耶识也称藏识和异熟识。唐三藏认为菩萨要到了不动地（第八地），才能够舍去 “藏识”之名，因为不动地菩萨不再造三业，所以不再储藏新的种子了，故此不能称八地菩萨的第八识为藏识了，而称异熟识了。藏识和异熟识是依阿赖耶识的两种不同功能而取名的。
金刚道后就是变成金刚法身佛后，即成佛后，连一直储藏在阿赖耶识中的异熟种子也被全部清除掉了，故此时第八识也不能称名为“异熟识”了，此时的阿赖耶识就完全转化为法身佛了。
《翻译名义集卷》第十六：“天台依摄大乘说庵摩罗，名无分别智光，即第九净识也(宗镜云。摩罗净识。湛若太虚。佛性明珠皎同朗月)。然据诸论所说。第八若至我见永不起位，即舍梨耶（阿赖耶）之名别受清净之称。是则果位名庵摩罗。天台所依摄大乘义取第九识者。”
解读：
天台宗认为在我见永不起，即第七识意根无我执之时，即阿赖耶识种子不流动时，第八识之舍梨耶（阿赖耶）就称净识（清净识），即第九识，也称之为庵摩罗。我见永不起位其实就是无我执且证得法身之七地菩萨，故天台的第九识就是七地菩萨的法身。而庵摩罗识其实就是阿赖耶识，就是如来藏，所以取庵摩罗识为第九识是不准确的。应该说阿赖耶识的清净识完全起作用的，即达到不生不灭的境界而成就法身时，就是第九识，或者可以称为法身识，所谓的清净识完全起作用就是无生法忍，就是不生不灭的境界。
《楞伽经》：“佛告大慧：如来之藏，是善不善因，能遍兴造一切趣生。譬如伎儿，变现诸趣，离我我所。不觉彼故，三缘和合，方便而生。外道不觉，计著作者。为无始虚伪恶习所熏，名为识藏。生无明住地，与七识俱，如海浪身，常生不断。离无常过，离于我论，自性无垢，毕竟清净。其余诸识、有生有灭。意、意识等，念念有七。因不实妄想，取诸境界，种种形处，计著名相。”
解读：
如来藏是一切善法和不善法的因（根源），能造五趣和众生。如来藏如同幻师变出各种东西,却没有我和我所造之法的分别。如果不明白此理，如来藏与父精母血三缘和合就会出生在五趣（六道）中。外道没有觉悟，不明白万物自性本空的真理，无明地认为有一个造物者，不知道物是妄想心所生的幻相，如来藏被此无始以来的虚伪恶习所熏，所以也取名为识藏，即称为阿赖耶识。
阿赖耶识生在无明之地，与七识同住，此时的阿赖耶识就如同海浪一样，相续不断，生生不息，轮回不断。当阿赖耶识离开无常过患（生灭法的过患），离开我执，即离开第七识，则能见其自性无垢，毕竟清净。其余七识皆有生有灭，意和意识在众生念念中有生灭。因为有不真实的妄想而取诸境界，于种种形处计著名相。
《大乘密严经》阿赖耶微密品第八：“诸仁者，一切众生若坐若卧若行若立，惛醉睡眠乃至狂走，莫不皆是阿赖耶识。譬如盛日舒光烛地，气蒸飘动犹如水流，渴兽迷惑向之奔走；阿赖耶识亦复如是，体性非色而似色现，分别之人妄生取著。如磁石力令铁转移，虽无有心似有心者；阿赖耶识亦复如是，为生死法之所摄持，往来诸趣，非我似我。如水中有物，虽无思觉而随于水流动不住；阿赖耶识亦复如是，虽无分别依身运行。如有二象捔力而斗，若一被伤退而不复；阿赖耶识应知亦然，断诸染分更不流转。譬如莲华出离淤泥，皎洁清净离诸尘垢，诸天贵人见之珍敬；阿赖耶识亦复如是，出习气泥而得明洁，为诸佛菩萨大人所重。
《大乘密严经》阿赖耶即密严品第八：“藏识亦如是，体非流转法，诸识共相应，与法同流转，如铁因磁石，周回而转移，二俱无有思，状若有思觉，赖耶与七识，当知亦复然，习气绳所牵，无人而若有。”
解读：
一切众生的坐、卧、行、立、惛醉、睡眠乃至狂走都是阿赖耶识，阿赖耶识本性不是色，却像色一样显现出来，有分别心之人被迷惑就观测到色之动相。如同磁石吸引铁转移，铁本身无心却似有心。阿赖耶识也是如此，被生死法所摄持，在诸趣中轮回，生死法（如色身和六识）不是我却像我。水中物没有思觉而随水流动，阿赖耶识也是如此，虽然没有分别性，但是依身运动。如果把前七识染分断掉，阿赖耶识就不流转了，即出习气泥而显出其妙明性和清净性。
阿赖耶识本体没有流动性，因为七识的作用而与诸法一起流转，诸法的本质就是阿赖耶识。阿赖耶识和第七识其实都是被习气种子所牵动，而其实这种动也是幻相，所以阿赖耶识其实是不动的。
《入楞伽经》：“心依二法缚， 阿梨耶识起，但心如是见，我法如瀑水。观世间如是， 尔时转诸心，乃是我真子， 成就实法行。”
《解深密经》：“若不除遣诸行相者，应于相缚不得解脱；此见谛者于诸相缚不解脱故，于粗重缚亦应不脱；由于二缚不解脱故，已见谛者应不能得无上方便安隐涅槃，或不应证阿耨多罗三藐三菩提。”
解读：
二法缚即相缚和粗重缚，唯识论二曰：“识以了别为行相”，行相即心识（六识心）各自所固有的了别（分别）功能。如果不除去行相，那么就会被诸法之相所束缚，即有相缚，有相缚者就不能解脱粗重缚。粗重缚即第七识意根的束缚，真心被这两法缚时就不能获得解脱。
《大乘密严经》：“诸仁者，阿赖耶识是意等诸法习气所依，为分别心之所扰浊，若离分别即成无漏，无漏即常，犹如虚空。若诸菩萨于阿赖耶而得三昧，则生无漏禅定、解脱方便、力自在神通如是等诸功德法，十究竟愿意生之身，转于所依，识界常住，同虚空性，不坏不尽。”
解读：
意根等诸法习气皆依阿赖耶识而有，阿赖耶识被分别心所侵扰而变浊，如果去掉分别心（前七识）则成无漏之法身，有些人也称之为无漏阿赖耶识。于阿赖耶得三昧，即阿赖耶识不动，那么就生无漏禅定（行阴尽），阿赖耶识即成为无漏之法身，就能获得解脱和力自在神通。
《瑜伽师地论》中弥勒菩萨云：“谓略说阿赖耶识是一切杂染根本。所以者何？由此识是有情世间生起根本，能生诸根，根所依处及转识等故；亦是器世间生起根本，由能生起器世间故；亦是有情互起根本，一切有情相望互为增上缘故。”
解读：
器世间就是无生命的物质世界，有情世间就是有生命的众生，两者都是阿赖耶识所生。
《大乘密严经》卷三：“诸仁者，如摩尼宝体性清净，若有置于日月光中，随其所应各雨其物；阿赖耶识亦复如是，是诸如来清净之藏，与习气合变似众色周于世间，若无漏相应即雨一切诸功德法。如乳变异而成于酪乃至酪浆，阿赖耶识亦复如是，变似一切世间众色。如翳目者以翳病故见似毛轮，一切众生亦复如是，以习气翳住藏识，眼生诸似色。此所见色，譬如阳焰远离有无，皆阿赖耶之所变现。诸仁者，依于眼色有似色识，如幻而生住于眼中，其相飘动如热时焰。诸仁者，一切众色皆阿赖耶，与色习相应变似其相非别有体，同于愚夫妄所分别。”
解读：
摩尼宝即法身，摩尼宝要置于日月光中才能生出万物来。阿赖耶识本为如来清净之藏，清净之阿赖耶识与习气种子合变出一切世间众色，即阿赖耶识在不同的习气种子作用下，幻化为不同的世界，或变成地狱或人间或欲界诸天或色界诸天。
如果阿赖耶识变成无漏阿赖耶识时，即阿赖耶识里面的种子不生灭时，即种子不流动时，此时的阿赖耶识就能雨一切诸功德法。
如同有眼有翳病的人看物体时，看见有一个模模糊糊的圆圈一样，一切众生因为有习气种子之病而掩盖住阿赖耶识之清净本性，由此阿赖耶识幻化出众色，此色如同阳焰，非有非无。一切色都依赖阿赖耶识而变现出来，由于阿赖耶识与色之习气种子相应，才幻化出相应的色体出来，而不是在阿赖耶识之外另有别的东西，色的本体就是阿赖耶识。
如来藏（阿赖耶识）在人间和欲界六天等地释放七彩光，但在人间和欲界天的七彩光的频率量级不同。阿赖耶识根据人阿赖耶识中的不同种子给人间和欲界六天的不同众生造出不同的眼耳鼻舌身五根来，这样，即使人间和六欲天的众生在同一个空间，他们了知的世界也完全不同，天界并非就在天空中。
《大乘密严经》：“诸仁者，阿赖耶识变似众境弥于世间，染意攀缘执我我所，诸识于境各各了别。”
解读：
阿赖耶识在世间变出各种幻境，阿赖耶识被意根所染，因为攀缘而执着于我和我所，六识对六尘各各了别。
