在佛教中，药王菩萨与药上菩萨有时取代文殊、普贤菩萨，作为释迦牟尼佛的左右胁侍。。药王与药上菩萨同施良药予众生，以治彼等身心病苦的菩萨，因供养比丘僧众，并施药救人，得众人赞赏，故被分别尊称为“药王”和“药上”。其实药王菩萨就是文殊菩萨，而药上菩萨就是普贤菩萨。药草皆为阴木之灵，也代表普贤菩萨的太素木灵。
《佛说观药王药上二菩萨经》上详细记载了药王菩萨名号的由来：“过去无量无边阿僧祇劫，有佛号曰琉璃光照如来，彼佛涅槃后，于像法中，有日藏比丘，聪明多智，为大众广说大乘如来之无上清净平等大慧。时众中有星宿光长者，闻说大乘平等大慧，心生欢喜，以雪山之良药，供养日藏比丘及众僧，并发愿以此功德回向无上菩提，若有众生闻己名者，愿其得灭除三种病苦。时长者之弟电光明，亦随兄持诸醍醐良药供养日藏及诸僧众，亦发大菩提心，愿得成佛。星宿光长者、长者之弟电光明后即为药王、药上二位菩萨。”
《法华经》时说：“药王者，过去世以药救病，因以为名。”
解读：
星宿光长者就是妙光菩萨，即文殊菩萨，即万星之主紫微星，即金阙帝君。星宿都是八地及以上菩萨，都有先天一炁之法身，法身即大药，法身之主即法身佛文殊菩萨，所以药王菩萨就是法身佛文殊菩萨。电光明就是会投掷雷电的帝释天，即有离火之灵的普贤菩萨。木带火按30万公里/秒行而为光和电，阳木龙拉着太阳围绕地球转，。阳木天蓬元帅在雷部名为太乙都雷使。
《法华经》卷七妙庄严王本事品载：于过去无数劫，有云雷音宿王华智佛，说法华经。时有国王名妙庄严（梵Śubha -vyūha ），夫人名净德（梵Vimala -datta ），二子名净藏、净眼。其王邪见炽盛，信外道之法。夫人与二子乃共设种种方便，使王至宿王华智佛所，听闻法华经，共得利益。净藏、净眼二人即今药王、药上二菩萨。
解读：
法身清净，藏而不可见，故称净藏，即如来藏，即先天一炁法身佛，净藏菩萨即药王菩萨，即文殊菩萨，即药王菩萨。净眼即净光，即莲花上的光，故为普贤菩萨，即药上菩萨。
《法华经》卷六药王菩萨本事品载：有日月净明德如来，其佛寿命为四万二千劫。时有一菩萨，名‘一切众生喜见菩萨’，修习苦行，精进经行，一心求佛，经一万二千岁，证得‘现一切身色三昧’，乃服诸香，饮香油，燃自身供养佛一千二百年。命终后复化生于净德王之家，受日月净明德如来之付嘱，于彼佛灭度后造八万四千塔。其自身亦于七万二千年间，燃臂供养其塔。彼‘一切众生喜见菩萨’即今之药王菩萨。
解读：
文殊菩萨现在于北方作佛，称为欢喜藏摩尼宝积。文殊菩萨即法身佛，即道，故为一切众生所喜见，所以“一切众生喜见菩萨”之药王菩萨即文殊菩萨。
《佛说观药王药上二菩萨经》中初观药王菩萨功德相貌部分云：“药王菩萨身长十二由旬。随应众生或十八丈或现八尺。身紫金色三十二相八十随形好如佛无异。顶上肉髻有十四摩尼珠。其一一珠有十四楞。一一楞间有十四华。以严天冠。其天冠内有十方佛及诸菩萨。皆悉影现如众宝窴。眉间毫相白琉璃色。绕身七匝如白宝帐。身诸毛孔流出光明。如摩尼珠数满八万四千。其一一珠宛转右旋。如七宝城优钵罗华。一一华上有一化佛。方身丈六如释迦牟尼。
解读：
“身诸毛孔流出光明”“如摩尼珠”者就是妙光菩萨，即文殊菩萨，即摩尼宝积如来。德十四一心，“十四摩尼珠”就是玄德，就是无上真心，即道德天尊老子李耳，即文殊菩萨。
《法华义疏》卷一载：“药王菩萨有二种身：一、如意珠王身，能与一切乐，依此立名故云宝掌也。二、药树王身，见闻之者无不苦灭，依此立名称药王。”
解读：
如意珠王即摩尼珠王，即先天一炁法身佛，即文殊菩萨，即地藏菩萨的如意珠。如意珠为珍宝，在艮土中，艮土为手为掌，故称宝掌。先天一炁即能医治百病的圣灵，故称药王菩萨为“药树王”。
《楞严经》载，药王、药上两位菩萨是从味尘而开悟：“药王、药上二法王子，并在会中五百梵天，即从座起，顶礼佛足，而白佛言：我无始劫，为世良医，口中尝此娑婆世界草木金石，名数凡有十万八千。如是悉知，苦酢咸淡甘辛等味，并诸和合俱生变异，是冷是热，有毒无毒，悉能遍知。承事如来，了知味性，非空非有，非即身心，非离身心，分别味因，从是开悟。蒙佛如来印我昆季药王、药上二菩萨名，今于会中为法王子。因味觉明，位登菩萨。佛问圆通，如我所证，味因为上。”
解读：
药王菩萨和药上菩萨就是遍尝百草的药神神农炎帝，即火龙。药王菩萨、药王孙思邈和医圣扁鹊三者都是以农历四月二十八日为诞辰日。
小说和电视剧中的运用：
在末世预言小说《水浒传》中为梁山好汉医治疾病的神医安道全就是代表道的药王菩萨，就是紫微大帝宋江的金灵，即摩尼王。
在末世预言电视剧《新白娘子传奇》中开保安堂和保和堂的许仙就是药王菩萨下凡，即神农炎帝再来，即弥勒菩萨。